Metoda čišćenja PCB-a mora biti odabrana na odgovarajući način na osnovu vrste kontaminacije i scenarija upotrebe; pristup jedne-veličine-odgovara-svima nije moguć. Za rutinsko čišćenje nakon proizvodnje ili popravke, najčešća metoda je brisanje bezvodnim alkoholom ili specijaliziranim elektronskim sredstvima za čišćenje. Ovi rastvarači brzo isparavaju i ostavljaju malo ostataka, što ih čini pogodnim za uklanjanje ostataka fluksa, laganih mrlja od ulja i prašine. Tokom rada, obično se koristi krpa bez dlačica- ili mekana četka za nežno brisanje duž pravca strujnih vodova, izbjegavajući pretjeranu silu koja bi mogla olabaviti komponente ili oštetiti lemne spojeve. Za područja sa jakom lokaliziranom kontaminacijom, može se koristiti metoda čišćenja od tačke{8}}do-tačke, rješavajući problem postepeno umjesto stalnog brisanja velikih površina.
Ako na PCB-u postoje tvrdokorni zagađivači, kao što su naslage kolofonija, mrlje od industrijskog ulja ili ostaci nastali dugotrajnom-oksidacijom, može se razmotriti ultrazvučno čišćenje. Ova metoda uključuje uranjanje ploče u specijalizirano rješenje za čišćenje, gdje efekat kavitacije generiran visoko-vibracijama uklanja zagađivače iz sitnih pukotina, što rezultira temeljitijim čišćenjem od ručnih metoda. Međutim, ključno je kontrolirati vrijeme čišćenja i tečnu formulaciju kako biste izbjegli oštećenje osjetljivih komponenti (kao što su konektori, releji i mikrofoni). Nakon čišćenja, neophodno je temeljito sušenje; u suprotnom, zaostala vlaga može uzrokovati kratke spojeve ili koroziju.
